在建设工程施工合同中，工程预付款是指在工程开工前，发包方按当年预计完成工程量造价总额的一定比例预先支付承包方的工程材料款，其主要用于购买工程所需的材料和设备。支付工程预付款，对发包方来说存在着一定的风险，但如果发包方完全不支付该款而要求承包方垫资，这一般是比较困难的，因为垫资相当于将风险转移给了承包方，承包方一般是不会同意的。对你的问题我认为你在合同中约定工程预付款时应注意以下几点：
1、工程预付款的额度
　　建筑工程的预付款一般不宜超过当年建筑（包括水、电、暖、卫等）工程工作量的30％，大量采用预制构件以及工期在6个月以内的工程，可以适当增加比例。安装工程一般不宜超过当年安装工程量的10％，安装材料用量较大的工程可以适当增加。
2、工程预付款的扣回时间和方式
　　工程预付款应在工程开工后完成工程量达一定比例时在支付工程进度款时扣回或折抵进度款。折回或折抵的方式与比例应在合同中明确约定，如约定：“在完成年工程量总造价××％（以发包方代表签字确认的工程量报告为准）后的每月里，按每月工程进度款的××％扣回。在完成年工程量的××％扣完。”
3、发包方可以采取的降低风险措施
　　工程预付款支付的时间一般不迟于约定的开工日期前7天。为了能让工程预付款全部用于工程中而不被挪作它用，防止承包方收到工程预付款后不能按时进场施工，发包方可以在合同中约定由发包方对工程预付款的使用情况进行监督的办法。比如，规定特定的查帐方式或要求承包方提供购买材料的合同和发票等。另外如果支付的工程预付款数额较大，双方还可以协商约定承包方接受工程预付款的同时向发包方提供银行保函。
　　一般来说，发包方如果能按以上三点要求，对工程预付款的数额及扣回方式进行合理约定，并能够采取有效措施切实履行这些约定，支付工程预付款的风险是可以降低到合理的程度的。