正好最近想到个比较好的表述，尝试着说一下。
拼音我们都很熟悉：
声母：bpmf,dtnl,jqx,zcs...
韵母：a,o,e,I,u,v...
很多人认为这是一个利用拼音文字特性注音汉字的划时代创造，比反切“科学”不知道多少。
但是，我们来看看声母的发音：
b实际发bo（拨），p实际发po（泼），m实际发mo（摸），f实际发fo（佛）。
换句话说，拼音的时候，声母实际不念辅音，而是音节，所以拼音的时候跟反切是一模一样的原理：两个字（音节）快速连读（所谓“切摩”）。
举具体例子：真，之人切（集韵等），连读“之（zhi）人（ren）”：可能会得出zhen，也可能得出ren，也可能卡住、连读不出正确的结果，这是实际教学中发现的情况。
联系到您的疑问，“上字取声母、下字取韵母”，到底根据何在？似乎有一定的道理。但是再看下面：
拼音“真”字的拼读：zh、en zhen。孩子都是这样拼读的，学校也是这样教的。具体发音实际是“之、恩 真”。
不难发现，读法、原理跟反切一模一样，只不过上字选短音节字、下字选“零声母”字（其实也是有声母的，不存在“零声母”音节，没有声母起振是发不出来音的）。
我们再来看韵书的历史，没记错的话清朝韵书的反切用字比过去大有改进，上字用短音节、下字用“零声母”字，所以现代拼音方案只是换一种符号系统表达同样的东西罢了，延续了声韵反切原理和反切用字的改进与完善（当然，拼音系统还是有不少缺陷，可以再完善）。
其实，章太炎的注音符号才是更好的方法：以简单汉字注音复杂汉字，不需要去走弯路再学一套不相干的符号系统来注音汉字，这实际上是给孩子识字正音带来了巨大的障碍损的拼音和组词，小学教育界都很清楚这件事。
回到题问，上字取声母、下字取韵母是不争的事实，韵书反切用字的改进明确的指向这一点，不必抠定义出处、文字上的来往回合。
声调取下字可以看韵书分部的字音，也是明显的事实，但却是错误的，一错一千多年。声调声调，调属于声，发音原理上也是这样。
根据：1.北宋邵雍的《声音唱和图》损的拼音和组词，声调位于“韵不动而次之以声调”的表格（另一张表是“韵不动而次之以四等”，字母是声韵唱和而成，都是音节，两张表或经声纬韵，或经韵纬声）。2.口耳之学，我们可以自己体会：口型固定不变（韵母固定），分别以四个声调念，很明显，变动的是喉头，四声变化在于调节声带松紧、对准气管的角度，这完全属于声的范畴。
当然，古人为什么会错，值得深入探讨，有了清晰的解释与渊源揭示，这个问题才算定论。
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